画像解析におけるUNIX系OSの基礎と応用

● 日 時:2016年01月23日(土)09:00〜12:00

09:00〜09:05 開会; 講師紹介
09:05〜10:20 第1部・画像解析に有用なUNIX系OSの基礎(筑波大・根本)
10:20〜10:30 - 休 憩 -
10:30〜12:00 第2部・FSL-FIRSTを用いた皮質下領域のセグメンテーション(岩手医大・山下)

● 内 容

内容:画像解析を行ううえで、UNIX系OS(Linux, MacOS)のコマンドを使えると、解析がずっと楽になります。また、FSLにはいくつも有用なコマンドがあり、それを知っておくとちょっとした作業がずっと楽になります。第1部では、実際にデータをいじりながら、UNIX系OSに標準で搭載されているコマンドとFSLに搭載されているコマンドを学んでいきます。また、データ解析を楽にしてくれるシェルスクリプトの基本についても扱います。第2部では、皮質下領域を自動抽出するFSLのツールであるFSL-FIRSTを用いて、皮質下領域のセグメンテーションと各領域の体積値の算出、解析結果の確認や処理失敗時の対応などをコマンドラインと簡単なシェルスクリプトなどを使って学びます。


● パソコンの持参について

本講座では、受講者にPCを持参して頂き、実際にデータを操作しながら脳画像解析の手法を学んでいきます。PCのスペックについては、以下の推奨条件を参考にして下さい:

Windowsユーザー

Macユーザー


● 事前準備

(1)ソフトウェア

VirtualBox及びチュートリアル用のLin4Neuroを使用します。準備方法は、下記リンクにある【L4N-VM-Mac-Installation.pdf (Mac)】【L4N-VM-Win-Installation.pdf (Win)】をご覧ください。

(2)当日のテキストの印刷

下記リンクのうち、2つのPDFファイルは、当日のテキストです。各自、印刷してきてください。当日、会場では印刷物は配布いたしません。

(3)当日用いるデータ

チュートリアルで用いるデータは、下記リンクのcbsn_tutorial_2015_unix1.zipおよびcbsn_tutorial_2015_unix2.zipをダウンロードしてください。その後、インストールの手引に従ってください。
第2部:

(4)予習

第1部、第2部ともにテキストは予習が可能なように構成されています。チュートリアルは短い時間ですので、ぜひとも予習してくることをおすすめします。(第1部のセクション0は当日は触れませんので、必ず事前に学習してきてください。)テキストを見ながら実際に手を動かしてみるとわからないところが見えてきます。そのうえでチュートリアルを受講していただくと、理解が深まります。

【ダウンロード】

Mac・Windowsユーザー共通

Macユーザー

Windowsユーザー

自分で解析環境を用意するユーザー(中級者以上向け)


● 本講座に関するお問い合わせ

 メールにてお尋ね下さい:cbsn.tutorial.unix アットマーク gmail.com


Last Update: 2016-01-11