画像解析におけるUNIX系OSの基礎と応用

● 日　時：2016年01月23日（土）09:00〜12:00

09:00〜09:05	開会; 講師紹介
09:05〜10:20	第１部・画像解析に有用なUNIX系OSの基礎（筑波大・根本）
10:20〜10:30	- 休　憩 -
10:30〜12:00	第２部・FSL-FIRSTを用いた皮質下領域のセグメンテーション（岩手医大・山下）

● 内　容

内容：画像解析を行ううえで、UNIX系OS（Linux, MacOS）のコマンドを使えると、解析がずっと楽になります。また、FSLにはいくつも有用なコマンドがあり、それを知っておくとちょっとした作業がずっと楽になります。第1部では、実際にデータをいじりながら、UNIX系OSに標準で搭載されているコマンドとFSLに搭載されているコマンドを学んでいきます。また、データ解析を楽にしてくれるシェルスクリプトの基本についても扱います。第2部では、皮質下領域を自動抽出するFSLのツールであるFSL-FIRSTを用いて、皮質下領域のセグメンテーションと各領域の体積値の算出、解析結果の確認や処理失敗時の対応などをコマンドラインと簡単なシェルスクリプトなどを使って学びます。

● パソコンの持参について

本講座では、受講者にPCを持参して頂き、実際にデータを操作しながら脳画像解析の手法を学んでいきます。PCのスペックについては、以下の推奨条件を参考にして下さい：

Windowsユーザー

• Windows 7以降の 64bit版
• メモリ：8GB以上（VirtualBoxを使用するため 8GB 以上が必要です）
• ハードディスク：20GB以上の空き容量
• 2ボタン以上のUSBマウス（必須ではありませんが、持っていると便利です）

Macユーザー

• Mac OS X 10.8以降を 64bitモード で起動できるMac（参考リンク：『OS X：32ビットまたは64ビットカーネルで起動する』）※10.8以降ならばデフォルトは64bitです。
• メモリ：8GB以上（VirtualBoxを使用するため 8GB 以上が必要です）
• ハードディスク：20GB以上の空き容量
• 2ボタン以上のUSBマウス（必須ではありませんが、持っていると便利です）

● 事前準備

（１）ソフトウェア

VirtualBox及びチュートリアル用のLin4Neuroを使用します。準備方法は、下記リンクにある【L4N-VM-Mac-Installation.pdf (Mac)】【L4N-VM-Win-Installation.pdf (Win)】をご覧ください。

（２）当日のテキストの印刷

下記リンクのうち、2つのPDFファイルは、当日のテキストです。各自、印刷してきてください。当日、会場では印刷物は配布いたしません。

• 20160123-AM1-1-UNIX-textbook.pdf: 第1部で用いるテキストです。
• 20160123-AM1-2-FSLFIRST-textbook.pdf: 第2部で用いるテキストです。

（３）当日用いるデータ

チュートリアルで用いるデータは、下記リンクのcbsn_tutorial_2015_unix1.zipおよびcbsn_tutorial_2015_unix2.zipをダウンロードしてください。その後、インストールの手引に従ってください。
第2部:

（４）予習

第1部、第2部ともにテキストは予習が可能なように構成されています。チュートリアルは短い時間ですので、ぜひとも予習してくることをおすすめします。(第1部のセクション0は当日は触れませんので、必ず事前に学習してきてください。)テキストを見ながら実際に手を動かしてみるとわからないところが見えてきます。そのうえでチュートリアルを受講していただくと、理解が深まります。

【ダウンロード】

Mac・Windowsユーザー共通

• チュートリアル用Lin4Neuro仮想マシン(L4N-VM.ova) ※4.6GBあります。ダウンロードできない場合、USBを郵送しますので、早めに下記メールアドレスにご連絡ください。
• 第1部テキスト (20160123-AM1-1-UNIX-textbook.pdf)
• 第2部テキスト (20160123-AM1-2-FSLFIRST-textbook.pdf)
• 第1部データ(cbsn_tutorial_2015_unix1.zip) (約52MB)
• 第2部データ(cbsn_tutorial_2015_unix2.zip)(約35MB)

Macユーザー

• MacでVirtualbox上に Lin4Neuroを簡単にインストールする方法 (L4N-VM-Mac-Installation.pdf)

Windowsユーザー

• WindowsでVirtualbox上に Lin4Neuroを簡単にインストールする方法 (L4N-VM-Win-Installation.pdf)

自分で解析環境を用意するユーザー（中級者以上向け）

• 独力でMacintosh またはLinux で解析環境を構築できるユーザーは、ご自身のMacintosh またはLinux環境を持参してチュートリアルに参加可能です。この場合、FSL、dcm2niiを含むMRIcronがインストールされ、FSLやMRIcronにpathを通してあるMacintosh またはLinux環境をご用意下さい。チュートリアルで使用するサンプルデータは上記第1部および第2部データをダウンロードして下さい。 （インストールや解析環境構築に自信がない方はLin4Neuroの利用をご検討ください） なお、第1部に関しては一部MacOSでは動作しないソフトを使います。

● 本講座に関するお問い合わせ

　メールにてお尋ね下さい：cbsn.tutorial.unix アットマーク gmail.com

Last Update: 2016-01-11